係：
- 生物學係
- 生物化學係
- 細胞生物學係
- 遺傳與發育生物學係
- 免疫與微生物學係
國家重點實驗室：
國家工程中心：
國家級教學示範中心：
教育部重點實驗室：
教育部批準設立的研究機構：
國家地方聯合工程實驗室：
福建省批準設立的研究機構：
廈門市批準設立的研究機構：
校批機構：
係：
國家重點實驗室：
國家工程技術研究中心：
教育部批準設立的研究機構：
國家藥監局批準設立的研究機構：
中國醫學科學院批準設立的研究機構：
福建省批準設立的研究機構：
廈門市批準設立的研究機構：
- 廈門市生物藥物工程技術研究中心
- 廈門市分子影像工程技術研究中心
- 廈門市醫學分子病毒研究中心
係：
教育部批準設立的研究機構：
福建省批準設立的研究機構：
- 福建省藥物新靶點研究重點實驗室
- 福建省靶點新藥行業技術開發基地
- 福建省核受體藥物工程研究中心
- 福建省藥學欧宝娱乐网页在线登录
創新實驗區
- 福建省藥學實驗教學示範中心
- 福建省藥學虛擬仿真實驗教學中心
- 福建省高等學校“癌症表觀遺傳學”科技創新團隊
廈門市批準設立的研究機構：
- 海洋活性物質功能
- 質量和安全性評價技術平台
- 廈門化學創新藥研發平台
- 廈門市代謝性疾病重點實驗室
- 廈門市手性藥物重點實驗室
- 廈門市瘤細胞與分子診療重點實驗室
- 廈門生物醫藥協同創新中心
- 廈門市靶點新藥工程技術研究中心
- 廈門市林下中藥資源工程技術研究中心
- 廈門化學創新藥研發重大平台（技術支撐單位）
係：
教學部：
福建省批準設立的研究機構：
- 福建省眼科與視覺科學重點實驗室
- 福建省神經退行性疾病及衰老研究重點實驗室
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抗癌研究中心
- 福建省基礎醫學實驗教學示範中心
- 福建省藥學實驗教學示範中心
廈門市批準設立的研究機構：
- 海峽（廈門）中醫藥科技平台
- 廈門市手性藥物重點實驗室
校批機構：
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眼科研究所
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消化疾病研究所
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器官移植研究所
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附屬中山醫院
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附屬東南醫院
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附屬廈門眼科中心
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附屬東方醫院
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附屬第一醫院
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附屬成功醫院
- 醫學院教學實驗中心
- 中醫藥研究中心
附屬東方醫院
附屬成功醫院
